国家市场监督管理总局作为国务院食品监督管理、主管全国食品质量和认证认可、标准化等工作的部门，依照《中华人民共和国食品安全法》和国务院规定的职责，对食品生产经营活动、产品质量实施监督管理。同时还负责市场综合监督管理和行政执法的有关工作，起草有关法律、法规草案，制定有关规章、政策、标准，规范和维护市场秩序。

行业行政管理部门还涉及国务院食品安全委员会、国家卫生健康委员会、国家发展和改革委员会以及农业农村部等部门。其中国务院食品安全委员会主要负责分析食品安全形势，研究部署、统筹指导食品安全工作；提出食品安全监管的重大政策措施；督促落实食品安全监管责任。国家卫生健康委员会负责食品安全风险评估，组织拟订食品安全国家标准，开展食品安全风险监测、评估和交流，承担新食品原料、食品添加剂新品种、食品相关产品新品种的安全性审查。此外，国家发展与改革委员会和农业农村部分别负责相关产业政策的研究制定、行业的管理与规划，统筹研究和组织实施“三农”工作战略、规划和政策，监督管理农产品质量安全。

国内行业自律职能主要由中国乳制品工业协会、中国奶业协会和中国食品工业协会等各级行业协会承担，上述行业协会主要制订并监督执行行规行约、收集并发布行业信息，协调同行价格争议，维护公平竞争等工作。中国乳制品工业协会侧重于管理乳制品加工企业，中国奶业协会侧重于管理养殖基地及其相关的乳制品加工企业。